store.atom(pdb=NULL)
Not intended for public usage
This function was requested by a user and has not been extensively tested. Hence it is not yet recommended for public usage.
pdb=NULL, returns the default
atom names to be stored.
Grant, B.J. et al. (2006) Bioinformatics 22, 2695--2696.
This function is still in development and is NOT part of the offical bio3d package
pdb <- read.pdb( get.pdb("5p21", URLonly=TRUE) ) a <- store.atom(pdb) a[,,1:2], , res = 1.A type atom N CA C O CB *G *G1 *G2 *D type "ATOM" "ATOM" "ATOM" "ATOM" "ATOM" "ATOM" NA NA "ATOM" eleno "1" "2" "3" "4" "5" "6" NA NA "7" elety "N" "CA" "C" "O" "CB" "CG" NA NA "SD" alt NA NA NA NA NA NA NA NA NA resid "MET" "MET" "MET" "MET" "MET" "MET" NA NA "MET" chain "A" "A" "A" "A" "A" "A" NA NA "A" resno "1" "1" "1" "1" "1" "1" NA NA "1" insert NA NA NA NA NA NA NA NA NA x "-7.186" "-5.921" "-5.845" "-6.600" "-4.673" "-4.633" NA NA "-3.115" y "32.862" "32.127" "31.045" "31.083" "33.058" "33.804" NA NA "34.766" z "-6.632" "-6.684" "-5.621" "-4.636" "-6.502" "-5.188" NA NA "-4.908" o "1" "1" "1" "1" "1" "1" NA NA "1" b "13.92" "17.10" "16.74" "16.60" "17.00" "18.08" NA NA "19.73" segid NA NA NA NA NA NA NA NA NA elesy "N" "C" "C" "O" "C" "C" NA NA "S" charge NA NA NA NA NA NA NA NA NA type atom *D1 *D2 *E *E1 *E2 *E3 *Z *Z1 *Z2 *Z3 *H *H1 *H2 type NA NA "ATOM" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA eleno NA NA "8" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA elety NA NA "CE" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA alt NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA resid NA NA "MET" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA chain NA NA "A" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA resno NA NA "1" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA insert NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA x NA NA "-3.019" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA y NA NA "35.851" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA z NA NA "-6.310" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA o NA NA "1" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA b NA NA "20.41" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA segid NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA elesy NA NA "C" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA charge NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA , , res = 2.A type atom N CA C O CB *G *G1 *G2 *D type "ATOM" "ATOM" "ATOM" "ATOM" "ATOM" NA "ATOM" "ATOM" NA eleno " 9" "10" "11" "12" "13" NA "14" "15" NA elety "N" "CA" "C" "O" "CB" NA "OG1" "CG2" NA alt NA NA NA NA NA NA NA NA NA resid "THR" "THR" "THR" "THR" "THR" NA "THR" "THR" NA chain "A" "A" "A" "A" "A" NA "A" "A" NA resno "2" "2" "2" "2" "2" NA "2" "2" NA insert NA NA NA NA NA NA NA NA NA x "-4.910" "-4.661" "-4.230" "-3.338" "-3.557" NA "-4.059" "-3.193" NA y "30.095" "29.030" "29.655" "30.501" "28.107" NA "27.565" "26.983" NA z "-5.820" "-4.859" "-3.547" "-3.537" "-5.401" NA "-6.629" "-4.443" NA o "1" "1" "1" "1" "1" NA "1" "1" NA b "14.70" "16.92" "14.78" "13.93" "18.03" NA "20.42" "18.51" NA segid NA NA NA NA NA NA NA NA NA elesy "N" "C" "C" "O" "C" NA "O" "C" NA charge NA NA NA NA NA NA NA NA NA type atom *D1 *D2 *E *E1 *E2 *E3 *Z *Z1 *Z2 *Z3 *H *H1 *H2 type NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA eleno NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA elety NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA alt NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA resid NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA chain NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA resno NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA insert NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA x NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA y NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA z NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA o NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA b NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA segid NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA elesy NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA charge NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA